益生菌是模拟母乳喂养婴儿肠道正常菌群而应运而生的产品，包括双歧杆菌和乳酸杆菌。从健康母乳喂养儿粪便中提出的益生菌种子经过工业孵化有可能会出现变异，所以每种工业化生产的益生菌又冠有一些称呼，比如乳双歧杆菌BB12，鼠李糖乳酸杆菌LGG等。益生菌制剂中应该含有活菌。
不是模拟母乳喂养婴儿肠道正常菌群而生产的细菌或霉菌制剂，也会对肠道健康有一定帮助，但是作用相对局限，比如有些针对抗生素使用后，只能称为微生态制剂。微生态制剂与益生菌制剂有所不同，益生菌制剂不仅利于肠道吸收消化，而且会通过刺激肠道内免疫细胞，刺激全身免疫。
由于肠道黏膜上存有免疫细胞，这些细胞的激活物是肠道内的正常细菌，包括双歧杆菌、乳酸杆菌等。所以，真正的益生菌在调整肠道功能的前提下，会通过刺激肠道免疫细胞，调节全身免疫。这也是为何新生儿第一口应是母乳喂养的原因。因母乳喂养是有菌过程，利于肠道正常菌群的建立。
腹泻恢复期，大便不可能立即恢复正常，往往不太消化的大便会持续几天。为此，益生菌能发挥很好的作用。益生菌通过调整肠道菌群，不仅可以保护肠道黏膜，还可排除肠道内的有害菌，再可助于营养物的消化和吸收。所以，建议腹泻后继续服用益生菌1～2周。
