卵巢囊肿在临床上多表现有小腹疼痛，小腹不适，白带增多，白带色黄，白带异味，月经失常，而且通常小腹内有一个坚实而无痛的肿快，有时性交会发生疼痛。卵巢囊肿的危害大致是当囊肿影响激素生产时，可能出现诸如阴道不规则出血或毛体增多等症状，囊肿而发生扭转，则有严重腹痛腹帐、呼吸困难、食欲降低、恶心及发热等。
卵巢囊肿最大的危害就是它可能会导致不孕、扭转、或是溃破、造成腹膜炎，给女性的健康带来很大威胁。还会引起以下问题：
卵巢囊肿的危害之一就是腹痛：如肿瘤无并发症，极少疼痛。因此，卵巢瘤患者感觉腹痛，尤其突然发生者，多系瘤蒂发生扭转，偶或为肿瘤破裂、出血或感染所致。此外，恶性囊肿多引起腹痛、腿痛，疼痛往往使患者以急症就诊。
卵巢囊肿的危害之二会导致月经紊乱：有的子宫出血并不属于内分泌性，或因卵巢瘤使盆腔的血管分布改变，引起子宫内膜充血而起;或由于卵巢恶性肿瘤直接转移至子宫内膜所致。因内分泌性肿瘤所发生的月经紊乱常合并其他分泌影响。
而功能性囊肿、皮状囊肿、浆液状囊肿和粘液状囊肿一般没有什么症状。万一囊肿变大，便可能使病人的下腹或背部隐隐作痛或感到肿胀。囊肿亦可能挤压膀胱造成频尿或小便困难。囊肿甚至极有可能演变成合并症、感染、变得扭曲、出血或爆裂。这些病状都也许诱发反胃、呕吐、发烧和腹部剧痛，必须即刻动手术把囊肿切除。这一类囊肿偶尔亦会变。
