接种本疫苗后，反应轻微，一般无严重的局部反应和全身反应。个别儿童接种后，局部出现红晕、轻微疼痛1—2天;全身反应有低热，1%—4%的受种者可出现超过38.5℃的发热;偶有过敏反应。大多数接种者在接种后10—24小时出现，一般1 —2天自行恢复，必要时可对症治疗。
流脑疫苗不是对每个孩子都有副作用，如果有，一般都是低烧，极少数为高烧。一般孩子在打针后48小时发热到达高峰，以后逐步恢复正常，如体温居高不降，应速去医院请医生诊治。另外，患有发烧的儿童在通常情况下是不能注射这种疫苗的。接种流脑疫苗后的反应比较轻微，偶尔有人出现短暂低热，有些大孩子偶尔出现过敏反应，即在接种后的十几个小时皮肤出现疱疹等，此时应请医生诊治。注射局部可能出现红晕和压痛，但通常在24小时内消退，不用特殊处理。发烧时不能用退烧药，只能用物理降温的办法(即用冰袋、凉毛巾降温)。
