1近年来新开发的药物，针对各领域的感染症广泛使用的喹诺酮类药物，在治疗衣原体方面效果较好。常见的药物，比如洛美沙星，利福平，氧氟沙星(ofix)，环丙沙星(cpfx)治疗效果也很不错。阿齐霉素或用强力霉素是治疗衣原体感染的首选药物。复方新诺明也有明显的效果。
2对于妊娠期患者，用药就要加以注意，以免影响宝宝。可使用的药物，比如红霉素、琥乙红霉素、阿齐霉素治疗，疗程要足够，这样才能保证疗效。四环素类和喹诺酮类药物，孕妇绝对不能使用。这些药物治疗生殖道衣原体感染的治愈率很高，一般都在90%以上。
3值得注意的是，对性伴侣的治疗是治疗衣原体感染的不可或缺的组成部分，对性伴侣进行治疗可降低衣原体感染的复发率。此外，由于大部分的衣原体尚未出现对抗生素的明显耐药性，因此病人在接受治疗时，不必担心衣原体耐药的问题。
