不过，任何一种疫苗都有产生不良反应的可能性。甲流疫苗是把甲流病毒接种到最适合它生长的鸡胚(也就是民间所说的“毛鸡蛋”)里。凭借着鸡蛋里的丰富营养，病毒迅速生长繁殖。之后再把这些病毒提取出来，加入灭活剂，使它们失去引发疾病的能力，但仍然保留了刺激人体免疫系统产生抗体的能力，最后再制成可以用于人体的疫苗。
在疫苗制作中，不可避免地会残留少量鸡蛋中的蛋白质，还有可能加入微量有利于疫苗质量稳定的佐剂。这些物质有可能成为过敏源或抗原，引起人体过敏等不良反应。所以，疫苗接种后出现注射部位红肿、全身皮疹和发热等反应很正常，几天后就会自愈。目前，各国接种甲流疫苗的严重不良反应极为罕见。
但对鸡蛋和硫柳汞过敏的人、以往接种过季节性疫苗并发生过敏反应的人、对硫酸庆大霉素过敏的人和严重过敏体质者不宜接种甲流疫苗。还需要提醒的是，接种一定要在指定的接种点或医疗单位进行，千万不要私自接种。
最近有报道认为，接种甲流疫苗之后两周内如无特殊情况，尽量不要使用抗病毒药物。因此，一些正在进行抗病毒治疗的乙肝患者对此产生了疑问：他们在抗病毒治疗期间能否接种流感疫苗?如果接种疫苗，是否应暂停服用乙肝抗病毒药物?
对于药物是否会影响甲流疫苗的免疫效果，目前尚无确凿的证据。乙肝属于必须坚持治疗的疾病，而流感属于需要预防的疾病，两者比较，治疗疾病比预防疾病更重要。一旦中断治疗，很可能使肝病加重;还有可能因反复停药而导致病毒耐药。另外，流感病毒属于核糖核酸(RNA)病毒，乙肝病毒属于脱氧核糖核酸(DNA)病毒，目前的抗乙肝病毒药物对流感病毒没有作用。
所以，正在进行抗病毒治疗的慢性乙肝患者千万不要因为注射甲流疫苗而盲目停药。但使用干扰素治疗的乙肝患者，由于干扰素也有引起发热等反应的可能性，因此，最好不要在干扰素治疗期间注射甲流疫苗，以免加重或增加不良反应发生的风险。
