治疗方案：
成人和青少年沙眼衣原体尿道炎、宫颈炎、直肠炎：多西环素0.1g，口服，2次/d，共7～l0天，治愈率在94%～100%之间。盐酸四环素0.5g，口服，4次/d，共7天，治愈率为88%～100%。米诺环素0.1g，口服，2次/d，共7天，治愈率92%～100%。多西环素与四环素相比，优点在于每天服药次数减少，耐受性稍好些，半衰期长，即便漏服1次也有效，同等剂量下抗衣原体和解脲支原体的作用更强些。不过，在临床上尚未观察到两者疗效的差异。米诺环素的疗效也好，主要不良反应是眩晕及头痛感，在用药48h后出现，停药后消失。大环内酯类药物的疗效报道不一。红霉素，每天1g，分4次口服，共7～15天，对沙眼衣原体感染的治愈率为76%～97%。阿奇霉素的疗效和毒性作用与多西环素相似，优点是只需单次应用，对淋球菌、解脲支原体及梅毒螺旋体也有效，所以对这类病菌的混合感染也可应用;缺点是价格非常昂贵。其他大环内酯类药物也可用于临床治疗，如罗红霉素、克拉霉素及交沙霉素等。这些药物仍需要多次用药(疗程7～l0天)，与阿奇霉素相比患者的遵嘱性更差些。其他较少使用的药物包括利福平(600mg，4次/d，共6天，治愈率98%)，氧氟沙星(300mg，2次/d，共7天，治愈率93%)，环丙沙星(750mg，2次/d，共7天，治愈率55%～86%)等。这些药物均经验有限，有的疗效并不理想，一般不推荐使用。
新生儿和儿童沙眼衣原体感染：新生儿衣原体结膜炎和衣原体肺炎推荐使用红霉素治疗，疗程10～14天。红霉素对新生儿感染的疗效约80%，可能需要2个疗程。
孕妇沙眼衣原体感染：妊娠期药物选择的余地少，忌用四环素类及氧氟沙星。红霉素2g/d的疗法治愈率84%～94%，但半数以上的患者出现严重胃肠道不良反应，而不能完成治疗;1g/d的疗法较能耐受，但疗效差。在一些国家，阿奇霉素已作为妊娠期沙眼衣原体感染的推荐用药。妊娠期也可使用阿莫西林，其疗效与红霉素相似，但胃肠道不良反应小，易于耐受。由于妊娠期所用药物的疗效相对差，故应在疗程结束的2周后使用细胞培养或抗原检测法作判愈试验，或3周后使用核酸扩增试验做判愈试验。
