任何事物都有两面性，虽然牛初乳有巨大的营养价值和显著的保健功效，但是也要看到，它不可避免地有一定的副作用。广大消费者对此要有充分的认识和足够的了解。
1.抗体的特异性。
和所有动物的乳汁一样，牛初乳所含抗体具有生物的特异性，也就是说，这些抗体大多数只能与牛易感的病原微生物相结合，只能对抗牛的疾病，只有少数抗体是和人类通用的。而那些不能通用的抗体，不但不能起到增进免疫的作用，反而会作为一种外来的“异物”，激发人体的排异反应，反而对健康不利。
2.诱发宝宝的不正常发育。
和普通牛奶相比，牛初乳的生长因子和促性腺激素含量非常高。这会导致宝宝的过度生长发育，以及性早熟。婴幼儿慎用。
3.牛初乳产品质量的不可控制性，以及相关营养标准的缺乏。
牛初乳的物理化学性质均与普通牛奶有很大不同，其产量较低，且质量不易控制，故不建议制成婴幼儿食品。而且，我国目前对初乳每日摄入的推荐量没有相关的标准，由于缺乏相关数据的支持，使得以牛初乳作为主要营养物质喂养婴幼儿具有一定的风险。
4.幼儿服用后多见上火、龋齿等不良现象。
部分宝宝服用牛初乳后会出现上火或腹泻的现象。牛初乳制品含糖量相对较高，残留在宝宝口腔中，也容易造成龋齿。
