目前治疗乙肝的难点就是如何刺激免疫系统，打破免疫耐受，让机体免疫系统清除病毒，据目前研究确实还没有一种药物可以直接杀灭乙肝病毒，之所以说乙肝小三阳能转阴并不是药物直接起的起得作用，而是自身的免疫系统可以清除乙肝病毒。
乙肝小三阳只能反映体内病毒的存在状态，而不能反映肝损伤的严重程度和病毒复制的水平高低。专家指出,如果小三阳患者乙肝病毒高水平复制,且伴有肝功能不正常,将更有可能发展为肝硬化、肝癌,危害更大此种情况下，乙肝小三阳治疗方法上采取免疫疗法与抗病毒药物相结合，促使乙肝病毒dna转阴，肝功能恢复正常，保肝、抗纤维化，阻止肝硬化为治疗原则。
乙肝“小三阳”不管什么形式存在，对人体健康都是一种潜在的威胁，及时彻底地清除乙肝病毒是不容置疑。乙肝小三阳通常是由“大三阳”转变而来，往往可能出现dna假阳性，即乙肝病毒的悄悄变异，变成目前无法认识和检测到的形态，使肝脏在不知不觉中纤维化和硬化或者癌变，所以，乙肝小三阳患者治疗的同时也要需要定期复查。
乙肝小三阳患者治疗的同时应保持良好的心态，消除思想负担，会有益于病情改善.畅情致，调饮食，慎起居，标本同治才能更好地调动机体的主观能动性，提高自身免疫功能，使肝脏得以更好的康复，所以乙肝小三阳患者要正确面对疾病，进行规范化治疗，一定程度上对疾病的康复是极为重要的。
