内膜间质肉瘤恶性度相差很大，低度恶性内膜间质肉瘤的恶性程度低，预后较好但复发率高。尽管治疗后复发率较高，但是，由于肿瘤分化好，核异型性小，分裂象少，再次手术切除复发灶仍可获得较好疗效，且肿瘤对放射线中度敏感，对孕激素治疗及化疗均有效，复发患者经综合治疗后仍有可能获得长期生存。高度恶性内膜间质肉瘤易出血坏死及易复发，预后很差。
影响预后的因素：
1.病变范围Salazar等分析文献近900例子宫肉瘤认为Ⅰ期5年生存54%，明显高于Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ 期的11%。Resnik认为在影响预后因素中最重要的是肿瘤浸润范围，最好分为限于子宫和超出子宫2个范围。中国医学科学院肿瘤医院资料分析，病变局限于子宫不论是否宫颈或子宫浆膜受侵(即Ⅰ、Ⅱ期)，其复发率和生存率无差别，Ⅰ期5年生存59.6%，Ⅱ期50%，肿瘤超出子宫侵及盆腔脏器(Ⅲ期)和上腹或远处转移(Ⅳ期)时5年生存分别为25%和10%(P<0.01)。中胚叶混合瘤深肌层受复发率100%，而局限于内膜层者无复发。肿瘤浸润内1/3 肌层5年生存75%，中1/3肌层5年生存50%。
2.病理表现 间质肉瘤中低度恶性间质肉瘤核分裂象一般<10个/10HPF，无明显核异型性，5年生存率为90%以上。即使复发转移亦有治愈可能。而高度恶性间质肉瘤核分裂象≥10个/10HPF，细胞异型性明显，5年生存仅25%。
3. 治疗方法 手术是治疗子宫肉瘤最好方法，单纯放疗或化疗仅起到姑息作用，疗效差。手术后辅助放疗可明显减少盆腔复发率，已得到一致承认，但能否提高5年生存率，不同作者报道不同。Coppleson和Vongtama报道，术后放疗较单纯手术5年生存率提高10%～20%，但也有作者则认为无明显提高。手术加化疗对预防复发和转移、提高生存有一定作用。
4.血管淋巴管侵犯 Major报道301例子宫恶性中胚叶混合瘤中，123例有血管淋巴管受侵，3年无瘤生存36%，而无血管淋巴管受浸的178例3年无瘤生存59%。但低度恶性间质肉瘤应除外，其虽有血管淋巴管内生长，但细胞分化好，异型性小，有丝分裂少，预后好。
5.其他 放射治疗后发生的子宫肉瘤预后差，绝经前者好于绝经后。腹腔细胞学阳性也是预后差因素之一。
