用消毒清洁剂进行清洗，但一定要让消毒剂保留半小时以上;马桶垫清洗、消毒过后最好在太阳下晾干。清洗间隔时间最好不要超过一星期，如果有外人使用过应当天就清洗。
注意：马桶和人体肌肤亲密接触，很容易成为病菌传播的媒介，特别是大肠杆菌。现在很多家庭都使用马桶垫，而茸茸的布面更易藏污纳垢，病菌传染的危险性也更大。市防疫站消毒科梁建生科长提醒人们：要经常给马桶消毒。 给家庭马桶消毒很简单，只需用市场上卖的消毒清洁剂进行清洗就可以了，但一定要让消毒剂保留半小时以上。
现在市场上还有用无纺布制成的一次性坐厕隔膜垫卖，使用这种坐垫应是最卫生的，也很方便，但只适用于中高收入家庭使用。
