六味地黄丸最好在饭前30-60分钟吃，以便药物成分能直接与胃黏膜接触，避免受胃内食物稀释而影响药效。而且，由于六味地黄丸属于滋阴补肾的药物，服药期间最好别吃辣椒、花椒等燥热辛辣的食物，清淡饮食才有利于提高药效。
另外，六味地黄丸服用剂量、次数、时间，也应因病情、年龄、身体状况等因素而有所不同。一般来说，最好遵医嘱服用。慢性病患者大多每日服2次，服用时间可达数月。值得注意的是，由于六味地黄丸是滋补药物，长期用会影响脾胃消化吸收功能。若出现舌苔浊腻、口涎多痰、食欲不振、大便稀溏等症状时，应暂时停药。
经常出现腰膝酸软、五心烦热、盗汗遗精、眩晕耳鸣、头痛面赤、咽干口渴、小便多、疲倦乏力、浮肿、虚火牙痛、牙龈充血等症状的患者，服用六味地黄丸一般都会有效，而那些肾阳虚者则不适用，否则会适得其反，致使病情加重，体型偏胖者也不应随意服用。
