多见于外伤感染。主要病原菌为奴卡菌和足菌肿马杜拉菌。 感染开始为丘疹或深部结节。结节逐渐扩大融合成肿块，化脓形成瘘管，自体外排出脓液，损害可愈合、消散，以后又反复出现临床症状。是由自然环境中的真菌或放线菌侵入真皮深层或皮下组织而引起的，以菌体包裹形成颗粒为特征的慢性化脓性肉芽肿。皮肤和皮下组织具瘘管的化脓性肉芽肿，可见典型颗粒。颗粒周围有中性粒细胞和其他炎症细胞浸润。
病原菌不同表现在颗粒大小、硬度和颜色的不同，如马杜拉足肿菌颗粒一般0.5mm大小，无菌鞘，质硬，黑色;而波氏足肿菌颗粒1mm大，有菌鞘，质软，黄白色;马杜拉放线菌颗粒一般大于0.5mm，质软，有菌鞘，黄白色;而巴西奴卡氏菌颗粒0.5mm大，可有菌鞘，质软，色白;只有白利梯足肿菌颗粒为红色。上述致病菌除伊氏放线菌外都存在于土壤，也是植物的致病菌。
根据病原菌不同，足菌肿分为两类：
真菌性足菌肿(eumycetic mycetoma)：病原菌包括形成白色颗粒的镰状霉、雷氏枝孢霉、吉林支孢霉、构巢曲霉、黄曲霉、茄病镰孢、罗萨梯新龟甲形菌、假性阿利什霉(异名尖端赛多孢)，和形成黑色颗粒的新月弯孢、膝曲弯孢、甄氏外瓶霉、塞内加尔小球腔菌、汤普金斯小球腔菌、足菌肿马杜拉菌、灰马杜拉菌、罗麦卢棘壳孢和麦金诺棘壳孢。
