甲胎蛋白偏高的原因主要是因为怀孕后，胎儿体内会产生甲胎蛋白，这是人体在胚胎时期血液中含有的一种特殊蛋白，导致孕妇体内检测出的甲胎蛋白偏高。一般正常的情况下，孕妇在怀孕期间检查甲胎蛋白偏高，测定值一般不会超过400μg/L，在产后三个月左右就会恢复正常水平。但是如果正常人出现甲胎蛋白偏高，则可能是疾病导致，常见的是肝癌、肝炎、充血性肝肿大、毛细血管扩张症、先天性酪氨酸病等。
甲胎蛋白偏高是指甲胎蛋白测量出的浓度比正常值高，一般孕妇都会出现甲胎蛋白升高的情况，新生儿的甲胎蛋白也会显示较高，这是由于甲胎蛋白是胎儿的正常血浆蛋白成分，也会进入母亲的血液循环中，因此妊娠妇女在检测时也会出现升高的情况，一般在产后3周后逐渐恢复正常水平。
但是如果正常人发现甲胎蛋白偏高，则可能是疾病导致的，尤其是肝病、肿瘤等。正常人甲胎蛋白偏高的原因是：
1、肝病：肝癌、肝损伤、肝炎、充血性肝肿大、先天性酪氨酸病等导致甲胎蛋白偏高。大约80%的肝癌患者血清中升高甲胎蛋白都会升高，因此正常的成人甲胎蛋白偏高可能是提示肝癌等疾病，甲胎蛋白会在肝癌出现症状之前的8个月就已经升高，而此时，肝癌的症状还是很不明显的，肿瘤也比较小，因此如果及早发现甲胎蛋白偏高，对于肝癌患者来说是一个很重要的指标。新生儿肝炎和病毒性肝炎也会引起甲胎蛋白偏高，30%新生儿肝炎可测出甲胎蛋白，发生率随病情的严重度而增加，大多明显增高。
2、肿瘤：睾丸或卵巢胚胎性肿瘤(如精原细胞瘤、恶性畸胎瘤、卵巢癌等)也常常会引起甲胎蛋白偏高，也是需要注意的。甲胎蛋白偏高还可能与生殖细胞肿瘤有关，有大约50%患有生殖细胞肿瘤的病人其甲胎蛋白(AFP)呈阳性。
3、其他：如毛细血管扩张症。毛细血管扩张症为一种特殊类型的原发性免疫缺陷病，可有眼结膜毛细血管扩张、甲胎蛋白显著升高等特异性表现。
