1 、菟丝子种子类圆形或卵圆形,腹枝线明显,两侧常凹陷,长径1.4-1.6mm,短径0.9-1.1mm。表面灰棕色或黄棕色,微粗糙,种喙不明显;于扩大镜下可见表面有细密深色小点,并有分布不均匀的白色丝状条纹;种脐近圆形,位于种子顶端。种皮坚硬,不易破碎,用沸水浸泡,表面有粘性,煮沸至种皮破裂,露出黄白色细长卷旋状的胚,称“吐丝”。除去种皮可见中央为卷旋3周的胚,胚乳膜质套状,位子胚周围。气微,味微苦、涩。
2、南方茧丝子与上种相似,但种子卵圆形,腹棱线不明显,大小相差较大,长径0.7-2.0.Mm,短径0.5-1.2mm。表面淡褐色至棕色,一端有喙状突出并偏向一侧。于扩大镜下可见种脐微凹陷,位于种子先端靠下侧。
3、大菟丝子种子较大,长径约3mm,短径2-3mm,表面淡褐色或黄棕色。均以粒饱满者为佳。