1.直接免疫荧光法
将特异的衣原体单克隆抗体用荧光素标记后检测标本中的衣原体抗原，如标本中有衣原体，则和抗体结合，在荧光镜下可见苹果绿色的荧光，一张涂片中衣原体数在10个以上时为阳性，特异性>97%，敏感性为70%～92%。
2.酶联免疫法
用光谱测相仪检测泌尿生殖道中的衣原体抗原，发现颜色改变为阳性，24小时获得结果，敏感性为60%～90%，特异性为92%～97%。
3.沙眼衣原体培养
沙眼衣原体为专性细胞内寄生物，只有在活细胞中才能生长繁殖，常用于衣原体培养的细胞是McCoy细胞和Hela229细胞，特异性为99%～100%，敏感性为68.4%～100%，是目前诊断沙眼衣原体的金标准。沙眼衣原体是在柱状上皮细胞内寄生的微生物，合适的培养标本是应用拭子从距尿道内口 2～4mm以内的尿道内取出，而不是取尿道口的分泌物或尿液作培养。
4.解脲支原体培养
利用解脲支原体能分解精氨酸产氨，发酵葡萄糖产酸的原理，分别使含精氨酸的肉汤培养基变为碱性，指示剂颜色由黄变红，葡萄糖肉汤培养基由粉红色变为黄色，该方法已广泛应用于临床。
5.聚合酶链反应(PCR)和连接酶联反应(LCR)
敏感性和特异性均优于其他方法，但要注意防止污染造成的假阳性。
