1.反复发作的冠周炎：阻生的智齿牙冠周围软组织与牙齿之间形成一盲袋，引起食物、细菌的积存，抵抗力下降时，出现冠周炎是必然的。一般的消炎治疗治标不治本，因此冠周炎会反复发作。常表现为冠周组织红肿疼痛，以致影响咀嚼，吞咽， 还常伴有张口困难及发烧，林巴结肿大等全身症状。若炎症未及时控制，还可向颌周、颈部扩散，形成组织间感染、颌骨骨髓炎，甚至还可发生败血症、心包炎等严重全身并发症另外，智齿萌出如空间不够还易造成前牙拥挤，影响美观，此时，拔除智齿是最好办法。
2.龋齿：位置不正的智齿与第二磨牙之间容易积存食物残渣，而且不易清洁，一般数月可形成龋齿，直接破坏牙体组织。
3.下颌疼痛、磨牙：阻生的智齿往往不能与对颌牙齿建立正常的咬合关系，长时间可导致颞下颌关节弹响、张口疼痛，夜磨牙等症状，对轻壮年的身心健康影响较大。
4.引发三叉神经痛：有证据表明一些阻生智齿是某些三叉神经痛的病灶所在。
5.牙列不齐：14-18岁是智齿萌生的最活跃时期，但因颌骨骨量与牙量间的不平衡，可供智齿萌出的空间是有限的。因此，智齿萌出运动的推动力常是造成牙齿拥挤和排列不整齐的主要原因之一。这种萌出运动的持续推动力只要有4～5克，就足以对第二磨牙产生影响。因此，第二磨牙发生错位，扭转等较为多见，约占牙颌畸形患者的20%左右，其中约有80%发生在下颌第二磨牙;以青少年居多，女性约是男性的1.6倍，第二磨牙的错位，会使上下方的咬 颌接触面积减少，人的咀嚼功能明显降低。
6.邻牙及支持组织的吸收：下颌智齿的牙胚在发育过程中，牙的长轴本来是向前方倾斜的，只是在有足够下颌发育时才逐渐直立萌出，当萌出过程中受阻于第二磨牙时，该处就会产生附着第二磨牙牙根表面的毁齿细胞。毁齿细胞可释放出溶蛋白酶而使牙根逐渐吸收，严重者可使下颌第二磨牙远中牙根完全吸收。而且阻生智齿与第二磨牙间常存在的慢性牙周炎也会造成牙槽骨的炎症性吸收。
7.颅下颌紊乱症：下颌智齿的阻生或错位常会与上颌第二磨牙发生咬颌干扰而导致下颌病理性后缩，这是诱发颅下颌紊乱症的原因之一。临床主要表现为颞下颌关节的弹响、疼痛和下颌运动的异常，咀嚼肌的疼痛、耳鸣、舌痛等症状。许多患者在拔除阻生或错位的智齿后，由于阻断了诱发颅下颌紊乱的潜在因素而取得了明显疗效。
8.智齿周围囊性病变：颌骨的牙源性囊性病变好发于未萌出的埋伏牙，而下颌智齿萌出受阻的机率又最高，显然是主要的好发部位，当囊肿发展到一定程度度，颌骨可发生膨隆变形，遇有继发感染，还会反复肿痛，严重者还可造成病理性骨折。
9.口腔粘膜发生癌前病损：阻生和错位智齿的牙龈和颊粘膜，可因牙冠边缘的长期机械刺激或反复咬伤，而使粘膜发生溃疡、糜烂、组织异常增生及白斑等病理损害。如此长期的创伤修复再创伤过程会影响口腔粘膜上皮的正常角化而发生癌前病损，进而诱发口腔粘膜癌变。
智齿在颌骨内由于位置不正导致容纳牙齿的颌骨不断退化变小，因而智齿阻生是必然的结果。拔除阻生的智齿对咀嚼、语言等功能无任何不良影响，加之拔除是治疗阻生的最有效的办法，因此，建议尽早、果断地拔除引起上述危害的阻生智齿。
