使用耳塞可能导致耳垢在耳塞插入耳道的同时被推进中耳,这能造成耳鸣,减弱听觉，疼痛或细菌感染。耳垢过多的使用者应更小心地使用耳塞，且耳塞应经常用水和温和的肥皂清洗。然而，泡沫类型的耳塞通常都是用完即可丢弃的, 而且将其泡在水里弄干后可能会失去慢回弹的特性。
此外，防噪音耳塞也有可能成为是耳炎的激发因素, 因为在温暖的，潮湿的环境下，许多细菌会繁殖得更旺盛。
然而，使用防噪音耳塞通常是安全的，但必须预防一些长期使用可能出现的潜在危险:
插入耳塞的时候会导致中耳的气压上升，并推向耳鼓导致疼痛，这是因为耳塞插入过深。为了避免这个危险，请先将耳塞搓细并插入预好的理想位置，当耳塞完全膨胀后最好不再往里推。反之亦然，拔出耳塞时为了避免耳鼓受挤，应慢慢地将耳塞旋出而不是强拉出来。
