伊维菌素的药代动力学因畜种、剂型和给药途径不同而有明显差异。以血浆半衰期为例，给牛、绵羊静脉注射300μg/kg量，t1/2虽然差别不大(分别为2.8天和2.7天)，但羊的血浆浓度较低是由于表观分布容积大于牛所致。伊维菌素在犬体内排泄较快(t1/2=1.6～1.8天)。猪的半衰期长达4天。
用美国专用的商品制剂给牛皮下注射(200μg/kg)，由于从注射局部缓慢吸收，而半衰期延长(t1/2=8天)，.48h血药达峰值，据临床驱虫效果观察，药效能维持2周。绵羊内服后的半衰期为3～5天，24h后达血药峰值。
犬内服(100μg/kg)片剂，2～4h内血药达峰值(40ng/mL)。猪血药峰值到达时间，内服(0.5天)比皮下注射(2天)快，但皮下注射的生物利用度比内服要高得多，通常内服时的生物利用度仅为注射法的41%。
两种不同剂型(糊剂和水性微胞专用剂型)的伊维菌素给马内服，血药峰值出现时间，不仅水性微胞制剂(4～5h)比糊剂(15h)快得多，而且生物利用度亦高。(糊剂仅为水性微胞剂的20%)。吸收后伊维菌素广泛分布于全身组织，并以肝脏和脂肪组织中浓度最高。伊维菌素通常在肝脏中氧化成代谢产物。伊维菌素在5～6天内经粪便排泄的占90%以上，经尿排泄仅占 0.5%～2%。
