碱性磷酸酶偏高的原因最为突出的就是肝胆疾病，像阻塞性黄疸、原发性肝癌、继发性肝癌、胆汁淤积性肝炎等是碱性磷酸酶偏高的原因。
另外，人体由于骨组织中此酶亦很活跃，因此，孕妇、骨折愈合期、骨软化症。佝偻病、骨细胞癌、骨质疏松等也是碱性磷酸酶偏高的原因。
除了上述碱性磷酸酶偏高的原因之外，患者白血病、甲状腺机能亢进亦也可导致碱性磷酸酶偏高。
还有一种碱性磷酸酶偏高的原因是非病理性的，在孕妇正常妊娠3个月后，由于胎盘长大，血清碱性磷酸酶水平到升高2~4倍，至产后3周才恢复正常，以及儿童及青少年骨骼发育的时候碱性磷酸酶也是可以明显偏高的，这两种情况都是正常现象。
