水母的身体有95%以上是水份，其他则是蛋白质和脂质所构成，所以水母的身体会呈现透明状，就是因为身体内的水份之故。水母具有三胚层，最外是表皮层(epidermis)，最内层则是胃皮层(gastrodermis)，由胃皮层构成一简单的体腔，只有一个开口，兼具口及排泄的功能，在表皮层及胃皮层之间的则是中胶层(mesoglea)。以钵水母为例，水母的身体有几个构造：
胃腔
即是由胃皮层所形成的胃腔，也是水母的消化系统，胃腔内有胃水管系统(Gastrovascular cavity)，内有许多的触手状的胃丝(Gastric filament)，胃丝上又有刺丝胞(Nematocyst)，可将吃进来的饵麻醉，再放出消化液来进行消化。生殖腺也是位於胃腔壁上，同样是发源於胃皮层(Gastrodermis)。
感棍
在水母翼的边缘均分有八个感棍(Rhopalium)，内有一个平衡胞、小眼(Ocellus)及两个感觉窝(Sensory clubs)，是在水中平衡其身体及触觉之用，可说是水母的感觉器官。其中，箱形水母拥有24个眼睛，360°的视觉感官。
伞帽
伞部边缘有六个感觉器官，一旦有物体靠近他们就会根据海水中的次声波快速逃走.
触手
在水母翼的边缘有许多细小的触手，触手的前端有刺胞，刺胞可捕捉浮游生物及攻击敌人。
