根：根由3部分组成：根颈、块根、须根。根颈头(区别于“根茎”，根颈是根，根茎是茎)是根的最上部，颜色较深，着生有芽;块根由根颈下方生出，肉质，粗壮，呈纺锤形或长柱形，粗0.6～3.5厘米，外表浅黄褐色或灰紫色，内部白色，富有营养，块根一般不直接生芽，断裂后却可萌生较小的新芽，因此秋季收集5厘米以上的断根也可繁殖;须根主要从块根上生出，是吸收水分和养料的主要器官，并可逐渐演化成块根。芍药的根按外观形状不同，一般又可分为三型：粗根型、坡根型、匀根型。粗根型，根较稀疏，粗大直伸;坡根型，根向四周伸展，粗细不匀;匀根型，根条疏密适宜，粗细均匀等。根可入药。
芽：丛生在根颈上，肉质，冬季在地下越冬，春初随气温上升，萌芽出土，初生时水红色至浅紫红色，也有黄色的，长出地面后，颜色加深，一般成为深紫红色，外有鳞片保护。芍药的芽为混合芽，既发育成生殖器官——花，又形成营养器官——茎和叶。萌芽前，芽长为2.5～4厘米。芽生出地面之后的颜色与形态也因品种不同会有所差异，颜色从深紫红色到黄褐色不等，芽形则可分为3型：即短圆型、竹笋型、笔尖型。短圆型，芽体较短，端部钝圆形;竹笋型，芽体较长，端部急尖，呈竹笋状;笔尖型，芽体较长，端部渐尖，状如毛笔的笔尖。芍药发芽是最壮观的场面之一，因为它体现了生命的萌发与活力，因此具有价高的欣赏价值。
茎：由根部簇生，高约50～110厘米，草本，茎基部圆柱形，上端多棱角，有的扭曲，有的直伸，向阳部分多呈紫红晕。
叶：下部的二回三出羽状复叶，即叶的末端由3片小叶组成一束叶，两侧又各有一束叶，两侧的每一束叶通常情况下由4片小叶组成，中部的复叶，末端的3片小叶不变，两侧的小叶片数开始减少，由原先的4片逐渐减为3片、2片或1片，甚至消失，当消失时，末端只有3片小叶构成，这时叫做三回羽状复叶，上方的叶片是单叶。叶长20～24厘米，小叶有椭圆形、狭卵形、被针形等，叶端长而尖，全缘微波，叶缘密生白色骨质细齿，叶面有黄绿色、绿色和深绿色等，叶背多粉绿色，有毛或无毛。芍药的叶也具有观赏价值，“红灯烁烁绿盘龙”中“绿盘龙”就是对叶的赞美，因此也可作为观叶植物。
花蕾：形状有圆桃、平圆桃、扁圆桃、尖圆桃、长圆桃、尖桃、歪尖桃、长尖桃、扁桃等数种。外轮萼片5枚，叶状披针形，绿色，从下到上依次减小;内萼片3枚(不包括变种)，绿色或黄绿色，有时夹有黄白条纹或紫红条纹，倒卵形、宽卵形、圆形、椭圆形或不规则形。
花：一般独开在茎的顶端或近顶端叶腋处，也有一些稀有品种，竟是2花或3花并出的。原种花白色，花径8～11厘米，花瓣5～13枚，倒卵形，雄蕊多数，花丝黄色，花盘浅杯状，包裹心皮基部，顶端钝圆，心皮3～5枚无毛或有毛，顶具喙;园艺品种花色丰富，有白、粉、红、紫、黄、绿、黑和复色等，花径10～30厘米，花瓣可达上百枚，有的品种甚至有880枚，花型多变。花期5～6月，果期8月[3] 。
果实：蓇葖果，呈纺锤形、椭圆形、瓶形等，光滑，或有细茸毛，有小突尖。2～8枚离生，由单心皮构成，子房1室，内含种子5～7粒。具有药用价值。
种子：黑色或黑褐色，种子大型，呈圆形、长圆形或尖圆形。
