治疗甲癣为皮肤癣菌病中最顽固难治的一种。可口服、外用药物，或手术拔甲。手指甲和脚趾甲的生长速度不同，完全替换一个新的指甲，手指甲需要100天，而脚趾甲大约要300天，所以治疗灰指甲必须要有耐心。1.手术拔甲适于单发的指甲，局麻下，将患甲拔除。这种方法创面大，出血，易引起感染。手术后一般会感觉较疼痛，容易重新感染复发，临床现已较少使用。心脏病、高血压、糖尿病等患者，不宜手术治疗。
2.内服药物适于多个指(趾)甲。如每日口服特比萘芬片250mg，连服6～12周;伊曲康唑400mg/天，连服7天、休息21天为一疗程，持续3～6个疗程;每周1～2次服氟康唑150mg，连续4月以上。可治愈80%以上的甲癣及甲真菌病。但因为这类药必须达到真菌所寄生的甲板处才能发挥抗菌作用，用药量大，用药时间长，应定期监测药物不良反应。
3.外用疗法根据药剂不同，主要局部涂药和封包削治等方法。
(1)使用指甲锉(非专业人士切忌用刀片，以免出血感染其他疾病)将不规则坏甲磨薄，磨甲周期为2天一次为佳;
(2)30%冰醋酸外涂或10%冰醋酸泡病甲，每日1次，持续3～6个月以上。涂药前若先将病甲削薄，疗效更佳。涂甲之前注意用温和药膏保护甲周的皮肤;
(3)选用特比萘芬酊、阿莫罗芬甲搽剂、环吡酮胺酮甲涂剂等抗真菌外用药局部涂抹。
