任何手术都是存在风险的。正颌手术的风险包括：麻醉风险。手术失败风险和术中意外，术后水肿和感染风险，术后复发风险。这些风险的存在是正颌手术受到限制的主要原因。
正颌手术通常采取全身麻醉，麻醉风险主要有麻醉药物的过敏、中毒反应;麻醉操作所造成的牙齿、口唇、声带等的意外损伤;术后声音嘶哑;严重的麻醉意外可以导致呼吸系统和循环系统衰竭，甚至危及生命。经验丰富的麻醉医生会在术前向患者进行解释说明，并尽可能减小麻醉风险的发生。
正畸医生和正颌医生之间要有良好的合作。正畸医生在术前完成牙胎方面的准备，正颌外科医生在术前经过缜密的测量和模型外科，确定手术最佳方案，加之术中准确轻柔的操作是减少手术失败风险的惟一办法。为了减少术后水肿和感染。正颌医生在术中应最大限度减少手术损伤，缩短手术时间，仔细止血。并用药物预防和控制术后感染过程医学教育网搜集整理。
不能忽略的还有术后复发风险。手术仅仅改变了颌骨的大小位置关系，与之相关的肌肉、舌却没有相应发生的变化。这需要患者在术后进行肌肉、舌的自我训练，使之逐渐适应新的颌骨组织。但这个过程患者往往不能坚持，复发的风险就增加了。另外，未彻底破除口腔不良习惯也是造成复发的重要原因。因此，患者应当听从正畸医生这方面的建议和要求，建立自我防复发意识。
综上所述，虽然手术存在这样那样的风险，但现代正颌外科已经发展成为成熟的学科，正畸、正颌和麻醉医生已经娴熟掌握了预防风险的技能，为患者树立了治疗成功的信心。
