1、与化脓性椎间盘炎的鉴别：化脓性椎间盘炎临床上可有腰痛，发热，白细胞升高等感染的表现，发病较急，CT 片上较早出现椎间隙狭窄，骨破坏周围可见硬化，X线平片可见化脓性病变的硬化及吸收，脓肿多局限于椎体两侧，钙化较少，脊柱结核一般呈长期和隐匿性的病程，硬化改变较椎间盘炎少且程度轻。
2、与脊柱转移瘤的鉴别：脊柱转移瘤多见于老年人，一般有原发病灶，病变椎体破坏常呈跳跃性，附件多受累，椎间隙基本正常，椎旁无脓肿，死骨形成，病椎旁软组织肿块较局限，CT 对干酪样物质钙化和残留骨片及死骨的鉴别存在一定困难，测量多个CT 值，结核干酪样钙化的CT 值高于残留骨片和死骨，可能会有所帮助。
3、与脊柱真菌感染的鉴别：椎体及椎间盘的真菌感染可能侵及临近的肋骨头，常提示诊断，隐球菌性骨髓炎很少发生在脊柱，而且骨髓腔蔓延及脓肿也很少显示，在椎体骨溶解区域可显示“肥皂泡”样改变，其椎旁脓肿可发生在后纵韧带下方，比结核形成的脓肿要小，棘突和肋骨头也易受累，驼背畸形很少见。
