1. 组织选择性好
组织选择效应是指PDT能在光照区域内较特异地作用于靶组织、靶细胞的现象。这是光动力疗法最突出的优点，可以最大限度地减少重要器官的功能丧失。例如：鲜红斑痣是一种真皮浅层毛细血管网扩张畸形，PDT在去除病变毛细血管网时可以不损伤其上的表皮层和其下的真皮深层，因此不会遗留瘢痕;采用放疗和热疗方法治疗膀胱粘膜的多灶性肿瘤时，由于导致肌层纤维化，经常发生膀胱容量和顺应性降低的并发症，但采用PDT治疗可以避免这种情况。因此PDT特别适用于重要器官的高精度治疗。
2. 作用表浅
人体组织的光透射性较差。对大多数组织而言，PDT的有效作用深度很难超到10 mm。因此，PDT的主要临床适应症是一些靶组织为“薄层”结构的疾病，如皮肤、粘膜的浅表肿瘤、鲜红斑痣、视网膜黄斑变性、动脉粥样硬化和牛皮癣等疾病。对于深部肿瘤或瘤体较大的肿瘤，必须通过特殊的照射方法加以解决。
3. 对微血管组织的损伤作用强
血管内皮细胞直接接触血流，细胞表面积大，对光敏剂吸收迅速，在光动力反应中消耗的光敏剂和氧可以得到快速补充，血液中产生的1O2也可以直接损伤内皮细胞膜，所以PDT对微血管组织的选择性好，作用强。因此PDT特别适用于微血管疾病的治疗，如鲜红斑痣、视网膜黄斑变性、食道静脉曲张栓塞治疗后遗留的微血管等疾病;同时也适用于通过破坏微血管可以实现治疗目的的疾病，如肿瘤。
4. 是一种局部治疗方法
PDT的治疗作用仅限于光照范围内，故只适用于病变范围局限的疾病。例如，PDT具有抗病毒作用，但它只能用于局部病毒感染，如乳头状瘤。
5. 全身副作反应少
由于PDT是一种局部治疗方法，无明显的全身副作反应，所以特别适用于一般情况差、不能耐受其它治疗方法的患者，并且可以多次重复使用。
