会阴部尿道瘘：这种瘘管是尿道球部与皮肤相通，常在泌尿生殖三角区内，排尿时尿由瘘口内流出。
先天性瘘：由骶尾部囊肿化脓破裂形成，原发外口常在臀沟中点，尾骨尖附近，瘘内可见毛发，由胚胎发生。
骶尾部瘘：常由臀部损伤，如打击，脚踢和擦伤引起，在骶尾部形成脓肿，从而形成瘘管。
肛门周围化脓性汗腺炎 这是最易被误诊为肛瘘的肛门周围皮肤病，因其主要特征是肛周有脓肿形成和遗留窦道，窦道处常有隆起和脓液，有多个外口，故易误诊为多发性肛瘘或复杂性肛瘘，鉴别要点是肛周化脓性汗腺炎的病变在皮肤及皮下组织，病变范围广泛，可有无数窦道开口，呈结节状或弥漫性，但窦道均浅，不与直肠相通，切开窦道后无脓液和瘘管，亦无内口，Wiltz报道43例肛周化脓性汗腺炎，35例初诊为肛瘘，藏毛囊肿，窦道和肛管脓肿，确诊前多有6年以上病史。
骨盆骨髓炎 骨盆化脓性或结核性病变引起的骨盆骨髓炎，常在会阴部发生窦道，与肛瘘的外口极为相似，但前者无内口，X线片显示骨盆有病变。
骶骨前瘘 由骶骨与直肠之间的脓肿在尾骨附近穿破形成，瘘管位于骶骨凹内，外口常位于尾骨尖两侧，探针可探入8～10cm，瘘管与直肠平行。
骶尾部骨结核 发病缓慢，无红肿热痛等急性炎症变化，破溃后流出稀薄脓液，外口较大，边缘不整齐，且经久不愈，X线片显示骶尾骨有骨质损害和结核病灶。
骶尾部畸胎瘤 破溃后可形成尾骨前瘘或直肠内瘘，大型畸胎瘤可突出骶尾部，容易诊断;小型无症状的肿瘤，可在直肠后方扪及平滑，有分叶的肿块，X线片可见骶骨和直肠之间有肿块，内有不定形的散在钙化阴影，可见骨质或牙。
晚期肛管直肠癌 破溃后可形成肛瘘，特点是肿块坚硬，分泌物为脓血，恶臭，病理切片可确诊。
