1、癌变危险：肛瘘的多发性，可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，危及周围脏器，并且多年未治或误治的老肛瘘有癌变的可能。
2、肛门失禁：任由肛瘘发展，可对括约肌造成严重损伤，甚至可能造成肛门失禁等并发症。
3、危及邻近器官：肛瘘是一种多发性疾病，长期拖延可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，如此，危及周围脏器也就势在必然。另外，如果是多年未愈(指没有彻底治愈)，发生癌变的可能性就会水涨船高。
4、影响肛门的正常功能：由于多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而形成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来了困难，而且也影响到肛门的正常生理功能
5、感染流脓：肛瘘一旦形成，自愈的机会极少，并带来一系列的危害。首先肛瘘感染发炎后，肛门疼痛剧烈，溃破后脓水污染内裤，脓汁刺激局部皮肤，肛门瘙痒剧烈。久而久之可使身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，发作亦越频繁，形成互为因果恶性循环。
