1.治疗原则主要是对症处理:
(1)口服B族维生素，如维生素B1、维生素B2、维生素C;
(2)呕吐难以进食者给予输液。当口腔因有糜烂吃东西困难时，可以给予易消化的流食，饭后漱口。
(3)口腔溃疡给予青梅散、金霉素鱼肝油或锡类散外涂，疼痛剧烈涂以利多卡因或苯佐卡因加硼砂甘油，促使糜烂面早日愈合。 并保持局部清洁，避免细菌的继发感染。
(4)皮肤疱疹有继发感染者涂以1%甲紫;
(5)服用抗病毒的药物，如病毒唑、病毒灵等。若伴有发热时，可以用一些清热解毒的中药。
2.手足口病可能结合心肌炎、脑炎、脑膜炎等病症，应及时进行治疗。
(1)并发脑膜炎者按照脑膜炎治疗
(2)并发心肌炎者按照心肌炎治疗。
3.中药方剂：
(1)双花防毒饮
方剂：金银花10g，野菊花10g，蚤休15g，茯苓10g，甘草3g。
制法：上药加水300ml，浸泡30分钟，以武火(大火)煎煮沸腾，改用文火(小火)煎煮15分钟，煎成药液150ml。每日1剂，药液分2～3次服，连续服用7～10天。3岁以下婴幼儿可减量服用。
(2)对急性期出现低热或无发热，流涕咳嗽，咽红疼痛，或纳差恶心，可用“银翘散”方剂;
(3)高热持续，口腔、手足、臀部、四肢疱疹分布稠密，可用“清瘟败毒饮”方剂;对出现高热不退，频咳气急等并发症，可用“己椒苈黄丸合参附汤”方剂。
(4)治疗口疼牙龈肿：可用板蓝根10克，黄芩、白藓皮各6克，双花3克，竹叶、薄荷各2克，煎水含漱。
(5)在疾病康复期，对于口干咽痛的孩子可在沙参麦冬汤方剂里，加生地黄、芦根养阴生津，清热润咽。
