典型肺炎的病原体主要包括肺炎支原体、肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体、军团菌和立克次体(引起Q热肺炎)。这些病原体大多为细胞内寄生，没有细胞壁，因此可渗入细胞内的广谱抗生素(主要是大环内酯类和四环素类抗生素)对其治疗有效，而β内酰胺类抗生素无效。
SARS患者是主要的传染源，其传染性随病程而逐渐增强，发病第2周传染性最强。一般认为症状明显的患者其传染性强，特别是持续高热，频繁咳嗽。退热后及恢复期时传染性迅速下降。每个患者传播毒力不均相同，有的“毒王”可以传染几十人，有的却一个人也没有传染。回顾性调查发现传播力强的所谓“毒王” 几乎都是老年人或具有其他基础疾病的患者，他们本身比较容易受传染，感染后也往往传播力强。
SARS的病原可能来源于动物，有报道说果子狸身上分离出的病毒了含有SARS—CoV的动物。
近距离呼吸道飞沫传播是SARS经空气传播的主要方式，是SARS传播最重要的途径。气溶胶传播也是经空气传播的另一种方式，是被高度怀疑为严重流行疫区的医院和个别社区暴发的传播途径之一，其流行病学意义在于易感者可以在未与SARS患者见面的情况下，有可能因为吸入了悬浮在空气中含有SARS— CoV的气溶胶所感染。
而对于由病毒引起的非典型肺炎，抗生素是无效的。
