一般来说对于初发的扁平疣患者，只要对症规律用药治疗，是可以很好的获得临床治愈、长期不复发的目的的。但这需要一定时期的巩固治疗，也就是说在皮损消退后，继续服用一些抗复发药物，完成规定的疗程，这个时期虽然会比较漫长但却十分重要。如果患者治疗不彻底，在表面症状消失后立即停用药，体内的毒素因子依然存在，病情难以保持稳定，很容易导致扁平疣的再次发作。
有些扁平疣患者经常更换治疗方式，并且擅自改变治疗方案或是中断治疗，都是普遍存在于扁平疣患者身上的。很多扁平疣患者在医生的帮助下治疗一段时间后，本来病情已经有了大的改观，但是，由于患者对治疗的期望值过高，自己还是认为治疗效果不好，或是心急，想一夜治愈，见治疗效果达不到自己的期望，就频繁更换治疗方式和医院。这些，恰恰就是久治不愈的原因之一。
在有效治疗扁平疣的同时，扁平疣患者日常护理工作也不可小视。多运动、多出汗有助于皮肤血液循环和新陈代谢，以及免疫能力的提高，相反如果患者少动少汗就不利于病情的恢复，难以抵抗外界毒素因子的入侵，可能诱发和加重病情。此外保持饮食的合理禁忌，家居环境避免阴冷潮湿，注意勤洗澡、勤换衣等自身的清洁，还有很重要的一点是要有积极健康心态，而许多患者对这些日常保健工作的忽视，也是导致扁平疣久治不愈的一个十分重要的方面。
扁平疣难治疗不仅跟现在治疗扁平疣的医疗技术有关，还跟患者自身对待扁平疣有关，所以扁平疣患者应该从心理上调节好自身对扁平疣的认识，做好自身扁平疣的护理措施，采用正规的治疗扁平疣方法治愈扁平疣。
