从外瘘管排出少量脓性、血性或粘液是主要症状。在较大的高位肛瘘中,由于瘘管位于括约肌外,不受括约肌控制,常常有粪便和气体排出。由于分泌物的刺激,肛门部位潮湿和瘙痒,有时形成湿疹。当外口愈合后,瘘管内形成脓肿,会有明显的疼痛感,并可能伴有全身感染症状,如发烧、寒战和乏力,通过脓肿穿刺或切开引流可以缓解。上述症状的复发是瘘管病的临床特征。
检查时,在肛周皮肤上可以看到单个或多个外口,呈红色乳头状隆起,挤压时有脓液或脓血性分泌物。外口的数量及其与肛门的关系位置有助于诊断肛瘘:外口的数量越多,离肛缘越远,瘘管就越复杂。