1 会阴部尿道瘘：这种瘘管是尿道球部与皮肤相通的瘘管，常在泌尿生殖三角区内，排尿时尿液从瘘管内流出。
2 先天性瘘管：由破裂的骶尾部囊肿形成，主要的外口常在臀沟的中点，靠近尾骨的顶端，瘘管内可见毛发，从胚胎开始发生。
3 骶尾部瘘管：常由臀部受伤引起，如击打、踢打、擦伤等，在骶尾部形成脓肿，导致瘘管。
4 肛周化脓性汗腺炎 这是最容易被误诊为肛瘘的肛周皮肤病，因为其主要特征是在肛周形成脓肿和遗留窦道，窦道处常有隆起和脓液，并有多个外口，所以容易被误诊为多发性或复杂性肛瘘。肛周化脓性汗腺炎的病变在皮肤和皮下组织，病变广泛，可有许多窦道开口，呈结节状或 不同的是，肛周化脓性汗腺炎病变广泛，可有许多窦道开口，呈结节状或弥漫状，但窦道较浅，不与直肠相通，窦道切开后无脓液或瘘管，无内口。
5 骨盆骨髓炎 由化脓性或结核性病变引起的骨盆骨髓炎，在会阴部常有窦道，与肛瘘的外口非常相似，但前者无内口，X线检查显示骨盆内有病变。
6 骶骨前瘘 由骶骨和直肠之间的脓肿穿透尾骨附近形成，瘘管位于骶骨凹陷处，外口常位于尾骨尖的两侧，探头可穿透8到10厘米，瘘管与直肠平行。
7 骶尾部骨结核发展缓慢，无红、肿、痛等急性炎症改变，破裂后渗出稀薄脓液，外口大，边缘不平整，持续存在，X线片显示骶尾部有骨质损伤和结核性病变。
8 骶尾部畸胎瘤 破裂后可形成尾部前瘘或直肠内瘘。大的畸胎瘤可从骶尾部突出，容易诊断；无症状的小肿瘤可在直肠后部发现光滑的分叶状肿块，X光片显示骶尾部和直肠之间的肿块，有不确定的散在的钙化阴影，可见骨或牙齿。
9 晚期肛门直肠癌 破裂后可形成肛门瘘，特点是肿块坚硬，有脓血排出，有臭味，可通过病理切片证实。
