都是由肛门进入，直肠镜是利用一条长约20CM直管，末端装有一个光源带微型电子摄影机，由肛门慢慢进入直肠，以检查直肠部位之病变，肿瘤或溃病，如有需要可取组织检验;结肠镜一般是纤维结肠镜，较长，由肛门慢慢进入到结肠，检查结肠部位病变、肿瘤或者溃疡等，二者主要区别在于检查部位不同
肠镜检查是经肛门将肠镜循腔插至回盲部，从黏膜侧观察结肠病变的检查方法。是诊断大肠粘膜病变的最佳选择，它是通过安装于肠镜前端的电子摄像探头将结肠粘膜的图像传输于电子计算机处理中心，后显示于监视器屏幕上，可观察到大肠粘膜的微小变化。
肠镜检查是发现肠道肿瘤及癌前病变最简便、最安全、最有效的方法。但毕竟内镜检查是一种侵入性检查方式，有一定的不适和并发症，因此，有不少人畏惧这种检查，致使一些大肠病变甚至肿瘤不能早期确诊，而延误最佳治疗时机。随着麻醉药品和医疗监护技术的进步，出现了无痛肠镜检查。其实质就是在检查前经静脉注射一种起效快、有效时间短、作用确切的麻醉药物，使患者在数秒钟内入睡，完成全部检查后早期即能苏醒，检查过程中不会有任何的不适和痛苦感觉，因此越来越受到患者的喜爱。但肠镜检查也存在不足之处，如麻醉意外、有时麻醉复苏过程较长、费用较贵等。
肛门镜属于肠镜的一种，只是观察的部位比较浅，只能看肛门和直肠的部位，所以叫肛门镜，肠镜主要用于观察整个结肠用的，同时也能看肛门和直肠。如果是考虑疾病在肛门附近，用肛门镜即可，如果考虑疾病位置比较深究需要用肠镜了，而且肛门镜不需要准备肠道，而肠镜需要准备肠道。
