新生儿患感染性腹泻时是许多病原菌引起的如细菌、病毒及真菌引起，胎儿分娩时通过母亲的阴道，细菌可以通过阴道进入胎儿口内引起感染。污染的奶水、奶头以及喂奶的瓶子等。家中卫生条件很好，但是母亲及护理小孩的阿姨不注意清洁卫生成了带菌者。有些新生儿患了重病，例如新生儿败血症，肺炎等也可以通过血流到达肠道，甚至感冒也能把病毒进入肠道内引起腹泻。不同的细菌和病毒引起的腹泻症状也不一样;轻症的病人表现单纯的胃肠道的症状，拉稀一日5一6次至10余次，同时还出现低烧、食奶差、呕吐、精神弱、轻度腹胀、哭闹、唇干、前囟门凹陷。严重时大便稀水样，可增加达到10-20次/日。还伴有高烧呕吐尿少，嗜睡，家长仔细观察新生儿，出现手足凉，皮肤发花，呼吸深长，口唇樱红色。在换尿布时发现小儿反应差，口鼻周围发绀，唇干，眼窝凹陷，出现这种情况，家长千万不要大意，需要到医院输液抢救。
如果新生儿的大便次数多，黄色，有蛋花汤样，常伴有血丝和粘液，虽然小儿未进食很多奶，但是有腥臭味，排便时哭闹，烦躁不安，这类的腹泻，大多数是一种致病性大肠杆菌引起的，是新生儿时期比较常见的腹泻，需要加用消炎药例如黄连素12毫克每日三次及用消化药和口服补液盐充水份。服4-5天痊愈。
在秋冬季节气候变化多端，新生儿也和大孩子一样容易患“秋季腹泻”，是由一种在电子显微镜底下见到像轮状的病毒引起的，表现发烧、呕吐、咳嗽、流涕等感冒症状，大便为水样、稀薄、米汤样、粘液少每次量多、无腥臭味，哭闹、烦躁不安，治疗比较困难，一般消炎药无效，只有增强新生儿抵抗力，可以加用一些中药，使用消化药如表飞鸣每次一片每日三次，口服补液盐冲水服一周左右就好了，严重时需到医院治疗。
有些腹泻引起生命危险，需要及时治疗。通常见到的是鼠伤寒沙门氏菌感染性腹泻。大多是都是由于污染食物引起的。早产儿，体重低的新生儿更多见。还可以病房，新生室流行，新生儿患了这种病以后是比较重的，而且死亡率高，家长发现有这种病时要注意传染性强，尽快地隔离，一般接触3-4天后就发病，发高烧，大便呈黑绿色，粘稠，也有白色便，胶冻样便，稀水样便伴有明显腥臭味，家长发现有多样化大便时，就要仔细观察新生儿是否存在黄疸，腹胀。病初或轻型病人可以服用庆大霉素每次1万单位，每日三次连服5-6天，但是如果有腹胀加重，黄疸有进展可能存在败血症，此外，如果新生儿有尖叫，抽风，脑膜炎时，应该及时送到医院抢救治疗是可以治愈的。但迁延时间比较长有时可以长达6个月，由于患病的时间长，消化不良可以变为营养不良，尿布疹，鹅口疮，尿道炎，肺炎，维生素缺乏，贫血等。
不同的病原菌引起的腹泻治疗不一样，采取饮食和补充营养原则和大孩子拉稀一样的。新生儿刚开始便稀时不能吃过多的奶水，如果母奶不足可添加稀释牛奶(1份水1份奶)千万不要操之过急，增加奶量过快。减轻胃肠负担，适当口服一些淡盐水，维生素C和已服用胃酶合剂和表飞鸣，帮助恢复消化机能，不同类型的腹泻使用维生素不同，如可以用一些黄连素，痢特灵，多粘菌素等，如果是病毒引起的腹泻，家长可不必给小儿消炎药。如果经过一般治疗以后大便不见好转，水泻达10余次以上时应抱小儿去医院诊治。
