1)纯净水不但除掉了所有对人体有害的物质，同时，也除去了许多对人体健康十分重要的“人体必需微量元素”。这些元素人体需要量是极微量的，每天在正常饮食中就可以得到满足。现在，从正常饮水中能获得的这部分必需微量元素，由于喝纯净水而被除去。这就满足不了人体正常需要。长久下去，对健康造成不可挽回的危害。这种危害是慢性的，觉察不到的，不可换回的，而且是危及后代的。 其中影响最大的是锌、镁、碘这3种元素。这几种元素，虽然在水中含量极微小，它们本来在食物中就很缺乏，而今又把水中这一点微量元素除干净，这就成了雪上加霜。这3种元素都跟生殖发育和智力发育直接有关，缺乏时，影响神经系统的发育，甚至影响子孙后代。
2)在正常膳食中，有许多无机盐都可以得到满足，如自来水中，就有30种人体需要的无机盐。现在，把水中的这部分除掉了，人体就补充不到无机盐的需要量。日久后，将造成营养失衡，人的健康也会因此受到影响，严重的就将引发疾病。
3)纯净水并不纯净。纯净水的制配是很复杂的，它既然是高新技术成果，当然有很高的技术含量。并非谁都能生产的。这些离子交换器和膜过滤器需要经常进行技术处理和清洗，这叫离子交换器和膜过滤器的再生技术。但大多数的纯水厂，都不掌握这种再生技术。结果，在交换器和过滤器中，富集了大量的细菌和污物，用的时间越长，积累的细菌和污物就越多，最后从这里过滤出来的水，反而比自来水中细菌和污物的含量要高得多。换句话说，这个过滤器已成了污染源。所以，据有关检测部门公布数据来看，每年检测纯水的合格率都不高。很多不合格的“纯水”在满街销售，而人们又把它当成纯净水饮用，危害比自来水要大得多(因为自来水，人人都知道需煮开再喝)。
4)纯净水进入人体后，因为它不含各种正负离子，所以溶解性能很强，这样不仅可以把各种有害废物和有害微量元素溶解，并排出体外。同时，也可以溶解人体非常需要的各种必需微量元素，而被排出体外。
5)纯净水的分子结构，经过净水器处理后会发生重排现象，使纯水分子的结构变为极度串联和线团化。这种水分子，不易通过细胞膜，会导致身体内有益的生命相关元素向体外流失。有些敏感的人感觉越喝越渴，越渴越想喝。长期喝纯净水会感觉无力。这对正在长身体的青少年有比较突出的副作用。为此，上海市已明确规定，限制中小学生饮用纯净水。
