治疗的目的是为了减轻临床症状及避免后遗症发生，同时应注意避免医源性并发症的产生。
1.一般治疗
脱离变应原是最为理想有效的治疗手段。应尽量避免与可能的变应原接触。如清除房间的破布及毛毯，注意床上卫生，使用杀虫剂消灭房间的虫螨，在花粉传播季节避免接触草地、树花等，停戴或更换优质的接触镜与护理液。眼睑冷敷可以暂时缓解症状。
2.药物治疗
(1)抗组胺药抗组胺药通常局部使用，常用的滴眼液有0.1%的依美斯汀、0.05%的Levocabastine、0.1%的Olopatadine及0.5%的Ketorolac。如果有眼外症状，可以口服使用，不过其效果不如局部用药。常用口服药物有苯海拉明、氯苯那敏、异丙嗪等。抗组胺药与血管收缩剂联合使用，往往可以取得更好的治疗效果如润洁那素达等。
(2)肥大细胞稳定剂常用的有色甘酸二钠及奈多罗米等。肥大细胞稳定剂的总体治疗效果虽不及抗组胺药，但其对抑制流泪似乎更有效。最好在接触过敏原之前使用。
(3)非甾体类抗炎药在过敏性疾病发作的急性阶段及间歇阶段均可使用，对缓解眼痒、结膜充血、流泪等眼部症状及体征均显示出一定的治疗效果，它还可以减少激素的使用剂量，常用的有吲哚美辛(双氯芬酸钠)、阿司匹林等。
(4)血管收缩剂局部使用的常用药物有肾上腺素萘甲唑林、羟甲唑林、四氢唑林等，可改善眼部不适，减轻眼表充血。
(5)糖皮质激素严重的过敏性结膜炎使用其他药物治疗无效时才考虑使用，且使用时间不宜太长，以免引起白内障、青光眼单胞病毒感染、真菌感染及角膜上皮愈合延迟等并发症。常用的有地塞米松、倍他米松及氟米龙等。
(6)免疫抑制剂主要有环孢霉素A及FK506对于一些严重的需要使用激素的春季角结膜炎病例，局部应用2%的环孢霉素A可以很快控制局部炎症及减少激素的使用量。但是，在停药后易复发。
3.脱敏治疗
此法主要用于季节性过敏性结膜炎，对于其他亚型的过敏性结膜炎，其治疗效果往往并不理想，因而很少采用。
4.冷冻疗法
此法主要用于春季角结膜炎。冷冻治疗常用于上睑结膜，将温度降至-80℃～-30℃，持续30秒。冷冻治疗可以重复使用2～3次。
5.心理治疗
眼过敏性疾病是一种急性或慢性的反复发作性疾病，彻底根治常常非常困难。因此对一些患者造成较大的心理压力。特别是一些春季角结膜炎的患儿，可能会出现一定的心理障碍，应加以注意。
