甲减可以危害到全身的各个系统——
内分泌系统：肾上腺皮质功能偏低、血和尿皮质醇降低。
心血管系统：心率缓慢、心音低弱、心脏呈普遍性扩大等。
消化系统：食欲减退、便秘、腹胀、甚至出现麻痹性肠梗阻、半数左右的患者有完全性胃酸缺乏。
精神神经系统：记忆力减退、智力低下、反应迟钝、多瞌睡、精神抑郁、有时多虑有精神质表现、严重者发展为猜疑性精神分裂症。
生殖系统：男性可出现性功能低下，性成熟推迟、副性征落后，性欲减退、阳痿和睾丸萎缩。女性可有月经不调、经血过多或闭经，无论对男女病人的生育都会产生影响。
肌肉与关节系统：常感肌肉疼痛、僵硬、骨质代谢缓慢、骨形成与吸收均减少、关节不灵、有强直感、受冷后加重、有如慢性关节炎、偶见关节腔积液。
