食材
因为辣椒素触碰到人类体表时将产生灼热感，所以其常被运用在食材中作为香味或灼热感(辛辣感)的来源。食物中灼热感的程度的测量是借由史高维尔指标来测定的。因为辣椒中辣椒素的浓度含量不高，在安全的考量下辣椒遂成为典型辣椒素获得的来源。
减轻口喉中灼热感最好的方法就是服用冷食或是冷饮，像是优酪乳、冰激凌或是牛奶;或可补充甜食，如果汁、糖或糖果。因为纯辣椒素是难溶于水但是可溶于油脂类及纯酒精的，所以常见的建议是吃含油的食物，像是奶油面包、全脂牛奶或是发泡奶油以减轻灼热感(假设含油食物可带走辣椒素)。但这些手法的有效性仍为可疑，因为即使不做任何的处理，灼热感仍会慢慢的消失掉。
医疗
可消炎、止痛、治疗肌肉酸痛等。
非致命武器
辣椒素也被应用在防暴装备胡椒喷雾中，当喷雾喷中示威人士身体部分时，尤其眼部、黏膜，会使示威者感到非常痛苦。
大量的辣椒素可成为致命毒物，人体在吸取过量辣椒素后，会出现呼吸困难、蓝皮肤及抽搐等症状。在可摄取量方面，儿童比成年人少得多。在印度，一些杀婴案件的凶手是用辣椒素把婴儿辣死的。
杀虫
辣椒素也用于杀虫，包括昆虫和其他动物。例如有人把辣椒晒干并磨碎，然后放进雀鸟的饲料内，由于雀鸟不怕辣，松鼠却害怕，因此可用来驱赶松鼠。
