新生儿肠道娇嫩，引起腹泻的原因也多种多样。
1. 喂养不当
新生儿胃肠道的发育不够成熟，消化酶比较少。在喂养过程中，喂养次数太多、每次的量较大，或过早添加大量淀粉类的食品，人工喂养时配方奶或牛奶的温度偏热或偏冷，都可造成肠道蠕动增加，大便次数增多。
2. 感染
●肠道内感染主要发生在人工喂养或混合喂养的新生儿，由于奶具不洁而导致病从口入。最严重的要算新生儿流行性腹泻了，常常在产科婴儿室或新生儿病室内流行，病菌经过母亲产道传给新生儿，然后由医护人员的手将病菌扩散开去。可由不同病原引起，以致病性大肠杆菌和轮状病毒最常见，严重者常常威胁生命。
●肠道外感染主要是由于病原体毒素的影响或神经系统发育不健全，致使消化系统功能紊乱，肠蠕动增加而引起腹泻。这种腹泻一般无黏液、脓血和腥臭，次数较少。在新生儿患肺炎和败血症时，细菌有时也可从肠道外或血液中透过肠壁，渗入到肠道内，引起肠炎。
●细菌和病毒的感染主要是喂养时母亲的乳头或内衣不卫生，手洗得不干净或配方奶、牛奶喂养时所用器皿不干净，将细菌或病毒带给新生儿引起腹泻。有时家中有感冒病人，也会将病毒传染给新生儿引起肠炎。有的新生儿患呼吸道疾病如肺炎，也会因抵抗性减弱或者毒素作用于肠道，而引起新生儿腹泻。
3. 新生儿的消化功能不成熟
足月儿的消化酶除胰淀粉酶外已足够消化蛋白质和脂肪，而早产儿各种消化酶均不足，胆酸分泌较少，不能将脂肪乳化。同时新生儿发育又比较快，所需热量和营养物质多，一旦喂养或护理不当，过早地喂养奶糕、米粉等食物，就可引起消化不良，发生腹泻。
