引起传染病的病原微生物有病毒、立克次体、支原体、细菌、真菌、寄生虫等。这些病原体的生物学特性不同，引起病变的机制不同，侵袭的器官也不同。病原体侵入机体的途径不同，如经皮肤、粘膜或由血液扩散至体内。有的病原体长期潜伏，有的进入体内即生长繁殖，产生对机体有害的物质，影响机体局部或全身的功能和形态变化，引起疾病。
机体对入侵的病原体多有积极的反应。皮肤、粘膜对于病原体是第一道屏障，不但具有机械的隔离阻挡作用，尚有其它因素作用于病原体，其分泌物的各种酶和分解产物，均不利于病原体的繁殖和侵袭。病原体进入体内后，机体的免疫应答系统即积极反应，调动细胞免疫和体液免疫，同时引起局部或全身的炎症反应。不同病原体引起病理改变的基本性质属于炎症范畴。因此传染病的局部和全身反应的变化规律和炎症的规律基本相同。随着病变的发展，临床也出现潜伏期、前驱期、发病期和愈复期。病变发展过程和病程及病原体的数量、毒力以及机体免疫功能和药物治疗有明显的关系。机体抵抗力强和治疗得当可以缩短病程和减轻损伤，否则病原体繁殖、播散，可造成严重的后果。
病原体引起细胞病变的机制不同，其方式有三：病原体进入细胞内，直接引起细胞死亡;病原体释放内毒素或外毒素杀伤细胞，或释放酶降解组织成分，或损伤血管引起缺血性坏死;病原体引起机体免疫反应，进而由于免疫介导机制引起组织损伤。
