肉毒杆菌是一种极强的致病菌，对人体危害极大。它的危害在于它在繁殖过程中能产生一种神经毒素蛋白——肉毒杆菌毒素(又称肉毒毒素或肉毒杆菌素)。肉毒毒素是毒性最强的天然物质之一，也是世界上最毒的蛋白质之一，毒性比氰化钾强一万倍，对人的半致死量为40 IU/Kg。
肉毒毒素是一种神经毒素，它能透过机体各部的粘膜，对酸的抵抗力特别强，胃酸溶液24 h内不能将其破坏。所以肉毒毒素由胃肠道吸收后，经淋巴和血行扩散，作用于颅脑神经核和外周神经肌肉接头以及植物神经末梢，阻碍乙酰胆碱释放，影响神经冲动的传递，导致肌肉的松弛性麻痹。人感染肉毒杆菌后会出现视觉模糊、呼吸困难、肌肉乏力等症状，如病情严重可能导致死亡。死亡率大约为25～50%。
肉毒杆菌虽然是一种严格厌氧菌，但是在自然界分布广泛，土壤中常可检出。因为罐头食品及密封腌渍食物是完美的缺氧环境，肉毒杆菌在其中具有极强的生存能力。同时人体的胃肠道也是一个良好的缺氧环境，适于肉毒杆菌居住。
虽然肉毒杆菌本身很容易被杀死，但是杆菌有一个特性就是在恶劣环境下其细胞质高度浓缩脱水可形成的一种抗逆性很强的球形或椭圆形的休眠体——芽孢。肉毒杆菌芽孢抵抗力很强，干热180℃ 5～15min，湿热100℃ 5h，高压蒸汽121℃ 30min，才能杀死芽孢。所以一旦食物中的肉毒杆菌芽孢未能全部杀死，人食用后，芽孢就会在体内的适宜条件下重新转变成为营养态细胞，使人致病。
由于肉毒毒素的松弛性麻痹肌肉作用，可将其制成有效的解痉药物，用于治疗眼睑痉挛、痉挛性斜颈、痉挛性发音困难等疾病。也可用于美容除皱，肉毒毒素将收缩造成皱纹的肌肉麻痹，使肌肉不收缩，连带地也去除了皱纹。肉毒毒素用于治疗或者美容时剂量非常小，而且只精确作用于局部肌肉，相对安全性还是比较高的。
