直径小于0.4厘米的输尿管结石，一般以药物治疗为首选。这些药物可以扩张输尿管，让结石排出。排石时间以2至3周为限。如果3周后，结石仍未排出或排石过程中反复出现肾绞痛、发热等情况，就需要泌尿外科干预了。
对输尿管上段，直径0.6至1厘米的结石，一般首选体外冲击波碎石。
这种治疗方法是将冲击波聚焦于结石，经过约2000次的冲击打碎结石，整个治疗过程有轻微疼痛的感觉，不过不需要麻醉。这个技术已在临床上实际应用了20多年，疗效确切，安全性好。碎石后再加上中草药排石，结石清除率会比单纯药物治疗要好。
对输尿管下段结石，体外冲击波碎石可能对生殖系统、肠道等造成损伤，且碎石成功率较低，所以，一般首选输尿管镜碎石取石。方法是将一根筷子粗细的内窥镜通过尿道、膀胱和输尿管到达结石部位，借助摄像头及显示屏，粉碎结石并取出。这是没有手术切口的手术，术后一般住院2至3天。
对输尿管上段，直径大于1.2厘米的结石，一般多选择腹腔镜下输尿管切开取石。
