许多妇女尤其是未婚妇女错误地认为，药物流产不是手术、不会伤身体。实际上，药物流产与负压吸宫流产一样，都是人为干预妊娠的生理过程，在一定程度上会损害妇女的健康。
(1)感染。妇女服用抗孕药物后，子宫腔内的胚囊组织可在当天排出，有时妊娠组织物排出不全，子宫复旧欠佳，阴道出血时间较长，可持续2～3周，甚至1～2个月。长期慢性失血可引起贫血，使身体抵抗力下降。这时，细菌往往由阴道逆行，而引起子宫内膜炎症。
(2)不全流产。有的妇女用药后因不完全流产，影响子宫收缩及子宫内膜创面的修复，使阴道流血量明显增多，超过平时月经量的2～3倍，严重者还可出现大出血，导致贫血、休克，此时需输血、并急诊手术刮宫止血等。
(3)对再次妊娠的影响。未婚妇女如多产、反复流产，可造成子宫内膜反复受损。妊娠时，易发生前置胎盘，可引起产前产时大出血，也有些妇女由于多次人工流产而出现习惯性流产，甚至继发不孕。
(4)月经失调。药物可以抑制卵巢的功能，影响卵泡的生长发育甚至排卵。个别妇女药物流产后，可发生月经失调，表现为月经周期缩短或延长，月经量增多。
因此，药物流产虽然相对安全有效，但是仍有少数情况出现不良反应及严重并发症。而且国家卫生部是对药物流产的部门有资格限定的，药房不得私自出售药物流产药物，否则以违法论处。因此建议意外妊娠妇女不要自行药物流产，一定要到正规医院就诊，应爱惜自己的健康，爱惜自己的生命。
