1. 内分泌失调：胚胎着床及继续发育依赖于复杂的内分泌系统彼此协调，任何一个环节失常，都可致流产，其中最常见的是黄体功能不良，黄体功能不全可造成子宫内膜发育迟缓和黄体期短，从而影响受精卵的种植，或早期妊娠流产。
2. 免疫因素：妊娠宫内的胚胎或胎儿实属同种异体移植，因为胎儿是父母的遗传物质的结合体和母体不可能完全相同。母一胎间的免疫不适应而引起母体对胎儿的排斥。
3. 生殖道感染：除以上各种因素外，感染所致孕早期流产愈来愈受到国内外学者的重视。妊娠早期严重的TDRCH感染可引起胚胎死亡或流产，较轻感染亦可引起胚胎畸形。
4. 子宫异常：由于子宫缺陷引起的流产约占10%~15%
5. 染色体异常：染色体异常多导致胚胎不发育而致早期流产。染色体异常包括数量和结构异常，数量上的异常可分为非整倍体和多倍体，最常见的异常核型为三倍体，而16三体又占1/3，常有致死性。21三体中有25~67%，13三体中有4一50%，18三体中有6~33%必然流产。
6. 环境因素。妊娠期生理状态的改变、使母体对治疗药物和各种环境有害物质的吸收、分布和排泄发生了较大的改变，在发育初期，胚胎对治疗药物和环境因素的影响极为敏感，此时各种有害因素都可导致胚胎的损伤、甚至丢失。
