① 遗传因素：一些患儿的直系亲属或旁系亲属中也有类似的畸形发生。大约20%的唇腭裂患儿可以追溯到遗传史。
②感染和损伤。母亲患有病毒性感染，如流感或风疹，或在怀孕早期（2个月左右）受过某种伤害，可能是唇腭裂的原因。
③母亲在怀孕期间患有慢性疾病，如贫血、糖尿病或严重的营养失调。
④怀孕期间服用某些药物：如镇静剂、抗癫痫药和激素类药物。
⑤母亲在怀孕期间接触过高剂量的X射线。
⑥在实验性动物研究中发现，缺乏维生素A、维生素B和泛酸、叶酸等食物成分的小鼠，会产生包括F型裂缝在内的各种裂缝，目前还不清楚人类是否也会因缺乏这些物质而发生先天性唇腭裂畸形。然而，有人对一些生有唇腭裂孩子的母亲进行了调查，有些母亲在怀孕早期由于妊娠呕吐或偏食，导致钙、磷、铁以及维生素B、维生素C和维生素D的明显缺乏。所以孕早期的营养缺乏可能是发病的一个诱因。
⑦药物和化学因素 当今人类应用了大量的化学物质，如药物、食品添加剂、调味品、化妆品等；人类生活环境中也有越来越多的工业污染，如大气、水等，都可能影响人类生活环境，损害人类健康，更严重的可能诱发人类胚胎发育畸形。目前认为，有六大类药物与先天性唇腭裂畸形的发生有关：激素、抗毒剂、烷化剂、抗生素、维生素和镇静剂。
⑧ 感染性和损伤性因素 母体在妊娠早期对病毒感染过敏，可能会影响胚胎的发育，导致唇腭裂或面裂畸形。已有研究表明，风疹病毒可明显导致唇腭裂乙状结节。此外，母亲在怀孕早期受到的任何伤害，特别是那些能对子宫及其附近地区造成损害的伤害，都会影响胚胎的发育，并可能成为唇腭裂的诱因。
