(一)局部治疗
主要目的是消炎、止痛，促进溃疡愈合。治疗方法较多，根据病情选用：
1、含漱剂
0.25%金霉素溶液，1：5000氯已定洗必泰溶液，1：5000高锰酸钾溶液，1：5000呋喃西林溶液等。
2、含片
杜米芬含片，溶菌酶含片，氯已定含片。
3、散剂
冰硼散，锡类散，青黛散，养阴生肌散等是中医治疗口腔溃疡的主要药。此外，复方倍他米松撒布亦有消炎、止痛、促进溃疡愈合作用。
4、药膜
其基质中含有抗生素及可的松等药物。贴于溃疡上，有减轻疼痛，保护溃疡面，促进愈合的作用。
5、止痛剂
有0.5%～1%普鲁卡因液，0.5%～1%达克罗宁液，0.5%～1%地卡因液，用时涂于溃疡面上，连续2次，用于进食前暂时止痛。
6、烧灼法
适用于溃疡数目少、面积小且间歇期长者。方法是先用2%地卡因表面麻醉后，隔湿，擦干溃疡面，用一面积小于溃疡面的小棉球蘸上10%硝酸银液或50%三氮醋酸酊或碘酚液，放于溃疡面上，至表面发白为度。这些药物可使溃疡面上蛋白质沉淀而形成薄膜保护溃疡面，促进愈合。
7、局部封闭
适用于重型复发性阿弗他溃疡。以2.5%醋酸泼尼龙混悬液0.5～1ml加入1%普鲁卡因液1ml注射于溃疡下部组织内，每周1～2次，共用2～4次。有加速溃疡愈合作用。
8、激光治疗
用氦氖激光照射，可使黏膜再生过程活跃，炎症反应下降，促进愈合。
(二)全身治疗
1、免疫抑制剂
若能经检查确定为自身免疫性疾病，采用免疫抑制剂则有明显疗效。常用药物为泼尼松(强的松)。为防止感染扩散，应加用抗生素。对严重贝赫切特综合征，给予氢化可的松或地塞米松和四环素，对有胃溃疡、糖尿病、活动期肺结核的患者应禁用或慎用。
2、免疫调节剂和增强剂
(1)左旋咪唑用于需增强细胞免疫作用者。
(2)丙种球蛋白适用于体液免疫功能减退者。不宜长期使用。
(3)转移因子适用于细胞免疫功能降低或缺陷者。
(4)维生素类药物可维持正常的代谢功能，促进病损愈合。在溃疡发作时给予维生素C 0.1～0.2g，一日3次，复合维生素B每次1片，一日3次。
(5)女性激素女性发病与月经周期有关者可慎用雌激素，已烯雌酚。
(6)微量元素血清锌含量降低者补锌后病情有好转，可用1%硫酸锌糖浆或硫酸锌片。
