1、用量过大板蓝根毒性极小，极少数人服用常规量会有轻度消化道症状。曾经有一个报道说的是一腮腺炎患儿同时用板蓝根注射液、板蓝根煎剂和含片，6天，引起上消化道出血现象。
2、过敏反应绝大多数为板蓝根注射液所引起的，表现为头昏眼花、气短、呕吐、心慌、皮疹，有时为全身多形红斑型药疹，严重者血压下降而出现过敏性休克。曾有报道：一患者因流行性感冒服用板蓝根冲剂后10分钟出现头昏，眼花胸闷，气短，呕吐等症状，而后出现面唇青紫，全身皮肤潮红，瘙痒，经卧床休息2天后症状缓解。第2天再次服用板蓝根冲剂后上述症状再次出现，并出现面色苍白，全身出现多形红斑疹，被诊断为板蓝根冲剂引起的急性过敏。
3、板蓝根属寒凉之品，虽无中毒的报道，但也不可滥用，健康人，特别是老年人、脾胃虚寒的人不宜长期单味服用板蓝根，以免伤及脾胃甚至引发其它疾病。在服用的过程中，如出现不明原因的身体不适或其他反应，应及时查明原因，给予治疗。
4、板蓝根主治温毒所致的疾病，如流感、上呼吸道炎症、流脑、腮腺炎、急性肠炎、菌痢、肝炎、颜面丹毒、热病发斑等。虽然药理研究表明，板蓝根对多种病毒与病菌有明显的抑制作用，但不要忘记它是一味苦寒药物。所以，对于上述疾病，只有出现温热、热毒、湿热内盛证候时，才能使用。
5、体质素虚，经常感冒者、慢性胃肠炎患者、低血压、精神不振者、过敏体质者、患血液系统疾病者要慎用板蓝根，其他如患有胃下垂、消化性溃疡、甲状腺机能减退、心律失常等疾病，也要慎用。
