痛经：内异症的临床特征为渐进性痛经，是常见而突出的特征，多为继发性，即自发生内膜异位开始，患者诉说以往月经来潮时并无疼痛，而从某一个时期开始出现痛经，可发生在月经前、月经时及月经后。有的痛经较重难忍，需要卧床休息或用药止痛，甚至痛得“滚炕”或撞头，疼痛常随着月经周期而加重，月经结束而消失。
月经不调：内异症患者常有月经周期缩短、经量增多或经期延长等现象，说明患者有卵巢功能障碍表现。月经不调可作诊断参考，但在鉴别诊断中并无价值。
性生活痛：当存在于阴道穹窿部异位子宫内膜结节、直肠凹陷结节或粘连，或卵巢粘连在盆底时，均可产生性生活痛。阔韧带后叶病灶纤维化增生及收缩明显时，可以外源性压迫输尿管，使其狭窄阻塞，亦可能出现泌尿系统症状，严重的可发生输尿管积水或肾盂积水。
巧克力囊肿：子宫内膜异位症也会发生周期性的脱落和出血。然而，这些血液不能像子宫内的经血一样可以通过子宫颈口排出，而是被关在异位的局部不断地积累，引起所在部位的病变，并引起相应的症状。如果血液积存于卵巢内不能排出，月复一月就会形成一个囊肿，其中血液中的水分就会被吸收，浓缩成咖啡色黏液，因此形成很像巧克力的囊肿。
异位妊娠(宫外孕)：异位的子宫内膜可以引起盆腔粘连，输卵管运行障碍，受精卵只有在局部种植发育，导致异位妊娠的概率增加。
周期性膀胱刺激症状：当内异症病变累及膀胱腹膜反褶或侵犯膀胱肌层时，会同时出现经期尿急、尿频等症状。若病变侵犯膀胱粘膜(膀胱子宫内膜异位症)则有周期性血尿和疼痛。子宫内膜异位症治疗
