生殖器疱疹常常会复发，第一次HSV-2型疱疹病毒感染后一年内将近60%患者复发，大多在原发感染后1～4个月内发生。第一年可复发4～6次，以后次数减少。 HSV-l感染后只有14%复发，大大低于HSV-2感染的复发率。由于复发性生殖器疱疹反复发作又难以控制，有时疼痛较严重等原因，常使患者产生沉重的心理负担，出现心理障碍，害怕致癌、害怕传染给性伴侣、回避与性伴侣的性生活、不愿与异性交往、出现性功能障碍，影响家庭和睦，甚至发生抑郁症。
生殖器疱疹病毒与生殖器恶性肿瘤关系密切。早在20世纪60年代就有人提出引起生殖器疱疹的HSV-2型疱疹病毒可能是宫颈癌的潜在致癌因子，并且发现生殖器疱疹常常与宫颈癌并发。患过生殖器疱疹的妇女比未患过者得宫颈癌的危险性大5～10倍。最近，在宫颈癌组织、剥脱细胞或癌前期细胞中发现了HSV-2型疱疹病毒特异抗原，从而表明HSV-2型疱疹病毒宫颈癌的发生过程中起了重要作用。另外，从阴茎癌患者的材料中也观察到单纯疱疹病毒样颗粒。
近年来人们也注意到孕妇与HSV-2型疱疹病毒感染的严重性。最重要的是传染给新生儿。在妊娠早期，患生殖器疱疹的孕妇可影响胎儿，以致发生流产或死胎。婴儿先天性感染，出生时可出现带状分布疱疹，癫痫发作，肝脾肿大。如通过产道感染或羊膜早破而产生逆行感染时，轻者出生后数日乃至数周临床上可无明显症状。早期症状可仅有吃奶较差，兴奋，随后可发生病毒血症或脑炎。严重者发生播散性生殖器疱疹病感染，可有高热、呼吸困难、出血及中枢神经系统病变，预后不良。
