男性影响
支原体经尿道感染后患者可出现尿道炎症状，并可继发慢性前列腺炎、睾丸及附睾炎，也可引起输精管梗阻导致无精症。支原体还继续感染精道、精囊和睾丸，影响精子和精液的质量，引起不育。经观察发现支原体可通过下述环节引起不育症。
1 .干扰精子运动： 精子运动是健康精子的一项重要功能，是衡量精子能否受孕的重要指标，而且精子的运动必须有一定速度和频率。支原体或衣原体感染精子后，常常附着在精子的头部和尾部，使整个精子挂满了大小不等的附着物，致使精子泳动无力，互相缠绕，导致不育。
2 .精子畸形率增加： 支原体或衣原体感染导致精子畸形率增加是造成不育的另一特征。据临床观察，在这类不育患者中，精子畸形率有时可高达80% 。
3 .破坏生精细胞： 睾丸的曲细精管中有大量生精细胞，这些生精细胞经过发育繁殖形成精子。当支原体或衣原体从尿道、前列腺等部位进入睾丸曲细精管后，会破坏生精细胞，使“生精工厂”产生伪劣产品，导致不育。
女性影响
解脲支原体或衣原体可侵犯尿道、宫颈及前庭大腺，引起尿道炎、宫颈炎与前庭大腺炎;上行感染时，可引起子宫内膜炎、盆腔炎、输卵管炎，尤其输卵管炎多见。解脲支原体或衣原体感染造成的女性生殖器官病理性改变，是不孕不育的重要原因。国内外资料提示，不孕症夫妇的宫颈粘液、精液中解脲支原体或衣原体培养阳性率高达50%以上，由此可见，解脲支原体或衣原体感染与不孕症的发生有相关关系。解脲支原体或衣原体感染造成不良的另一个原因是流产，有人从流产的组织中检查出解脲支原体的阳性率高达40%以上。因此，对不明原因的流产，尤其是多次流产者，应考虑有解脲支原体或衣原体感染的可能。解脲支原体或衣原体感染造成的不完全梗阻的输卵管炎性粘连，可使管腔狭窄，通而不畅，还是发生宫外孕的重要原因。
妇女妊娠后，由于孕激素的增加，抑制了细胞免疫，机体抵抗力下降，更易受到解脲支原体或衣原体的感染，解脲支原体或衣原体引起的围产期感染已是现代产科面临的新问题。解脲支原体或衣原体可以经胎盘垂直传播或由孕妇下生殖道感染上行扩散，引起宫内感染，两者均可导致流产、早产、胎儿宫内发育迟缓、低体重儿、胎膜早破，甚至造成胎死宫内等一系列不良后果。
胎儿影响
支原体或衣原体感染本身可致不孕，流产早产，低出生体重儿和胎儿畸形。但是首先要看你是怀孕几个月的时候感染的，如果是孕早期，对胎儿就可能有影响，孕中晚期胎儿的各器官已发育得较好时影响不大。支衣原体可以经胎盘垂直传播或由孕妇下生殖道感染上行扩散,引起宫内感染,两者均可导致流产,早产,胎儿宫内发育迟缓,低体重儿,胎膜早破,甚至造成胎死宫内等一系列不良后果. 在分娩过程中,胎儿经产道娩出时,也易被感染.常见的有新生儿眼炎,其次为新生儿呼吸道感染,其他还有中耳炎,咽喉炎等.对于支原体衣原体的是严重影响到胎儿和自生，会造成家庭和新生儿的疾病。
